第一期：大正藏 (1998.02~2003.02)
- 以完成大正藏 1-55 冊及第 85 冊電子化為目標。
- 完成極低錯誤率之高品質電子經文。
- 提出電腦缺字之有效處理方案。
- 利用電腦技術，以整合不同版本藏經校勘之查閱。
- 整合全文檢索之工具，以提昇電子佛典之應用。
- 利用網路特性，將漢文佛典呈現至世界各處。
- 開發單機版之使用介面，以利大眾使用。
- 逐年發行最新大正藏數位化成果之「CBETA 電子佛典集成」光碟。
第二期：卍續藏 (2003.02~2008.02)
篩選大正藏未收的卍續藏經文予以數位化。
- 2003.12：X78-87 史傳部．禪宗。
- 2004.07：X63-73 諸宗著述部．禪宗。
- 2005.02：X54-88 剩餘冊數，包括所有諸宗著述部、禮懺部、史傳部。
- 2006.12：X01-53 包括印度撰述經、律、論集、密經儀軌部，以及中國撰述大小乘釋經、律、論。
- 2007.12：輸入與處理 X01-X88 各冊校注資料。
- 2008.02：發行內含第一期及第二期完整成果之「CBETA 電子佛典集成」光碟單機版，並推出線上網路版。
第三期：歷代藏經補輯及近代新編文獻目標(2008.02~)
在前兩個目標（大正藏及卍續藏）的基礎上，陸續篩選其他藏經及近代重要新編文獻予以數位化。
- 2008-2011：歷代藏經補輯、正史佛教資料類編、藏外佛教文獻（1-9 輯）、北朝佛教石刻拓片百品。
- 2012-2014：國家圖書館善本佛典、漢譯南傳大藏經。
- 2015-2016：大藏經補編、中國佛寺志（15部）。
- 2017-2018：印順法師佛學著作集、中國佛寺志（21部）。
- 2019-2020：藏外佛教文獻（10-12 輯）、呂澂佛學著作集 。
- 2021-2022：太虛大師全書。
