二、CBETA第二期（2003-2008）：卍新續藏
2001年，恆清法師向我提議CBETA已經完成《大正藏》1-55與85冊電子化任務，可以準備解散了，不然的話沒有經費可以維持。我提議CBETA應該可以繼續作《卍續藏》電子化工作，恆清法師說她不好意思再去向仁俊長老化緣，請我自己要想辦法。
（一）第二期的經費的因緣
於是，我向聖嚴法師請示如何籌措經費，他介紹有可能出資的新加坡企業家吳一賢居士到中華佛研所來了解狀況。吳居士因為經營事業，常去大陸，知道大陸方面有作電子佛典，因此曾向聖嚴法師提到這方面的事情。因此，聖嚴法師介紹他利用某次在台灣的時候，約我與杜老師在北投中華佛研所見面，我們現場介紹CBETA電子佛典《大正藏》的各種使用功能以及繼續作《卍續藏》電子化的意義，具備大企業家眼光與氣度的吳居士很快就了解，很滿意CBETA在電子佛典方面的計畫與執行成果，回報聖嚴法師說：他同意以他夫人黃淑玲女士的名義以及另一位隱名朋友合資，分5年（2002-2006年）贊助100萬美元，支持CBETA第二期工作（《卍續藏》電子化）的經費，並且於2001年9月9日雙方簽訂贊助協議書，這些善心與真情的功德，感恩不盡。
此外，如上所述：感謝佛陀教育基金會，於2000年5月18日雙方簽訂5年贊助協議書，每月捐贈10萬台幣，贊助CBETA《卍續藏》計畫，之後，續約贊助至今，並且也贊助CBETA購買全套原版《新纂大日本續藏經》，作為CBETA第二期電子化工作的底本，實在是CBETA的重要貴人之一。
（二）2002年取得日本《卍新續藏》的授權
《卍續藏》是日本京都「藏經書院」院長前田慧雲（1857-1930）於1905-1912年間，接續《卍大藏經》的漢文大藏經，任命中野達慧（1871-1934）擔任編修，以尚未編入大藏經的許多中國撰述之章疏，加以整理刊行之「續藏經」。《卍大藏經》於1902年開始編輯，以黃檗藏與高麗本對校，1905年完成，又名「大日本校訂訓點大藏經」，或相對於《卍續藏》，簡稱《卍正藏》。
但是，於1924-1934年之間，由高楠順次郎、渡邊海旭、小野玄妙等人成立之東京大正一切經刊行會（後稱「大藏出版株式會社」），主要以東京增上寺所藏之高麗本為底本，對校同寺所藏宋、元、明三本，另參照正倉院藏經、敦煌本及巴利文、梵文經典，編輯出版《大正藏》100冊，正篇55冊、續篇30冊、別卷15冊（圖像12冊、法寶總目錄3冊）。由於所收異本最多，佛典分類亦較合理，且有不同版本之校勘，主要術語常能注以梵文、巴利文，因此《大正藏》取代《卍大藏經》，成為目前各種中文藏經中，流通最廣的版本。如上所述，《大正藏》1-55冊與85冊85冊（敦煌寫本部類：古逸部、疑似部）是CBETA第一期電子藏經的目標。
但是，《卍續藏》（150套，750冊）收錄許多尚未編入大藏經的許多中國撰述之章疏，其十門分類也有其獨特之處，是研究中國佛教之不可欠缺的藏經。編修者中野達慧先生，他本身罹患重病，同時兩個孩子也生病，其中一個孩子竟然死亡，他卻一日也不肯休息。且是非營利事業，薪俸十分微薄，生活難以為繼，需靠祖產補其不足。如他在《續藏經》序文所述：
大正元年(1912)壬子十一月，所預定的一百五十套，始告完成。其間歷經多少星霜、祁寒、酷暑，亦未曾稍有懈怠。偶罹篤疾，呻吟數月，然手不停鉛槧（即鉛筆）。又，兩兒同時得疾，一兒竟亡，亦一日也不肯休息。且印經一事，固非利之業，書院所給之薪俸甚薄，有賴祖宗遺業，以補其不足。（中野達慧《續藏經》序文）
我個人讀到這幾段敘述，不禁潸然淚下，深深感佩其「安貧樂編」的精神與百折不回的毅力，實在值得我們學習。
由於《卍續藏》已經沒有再繼續刊行，坊間不容易購買，而且它採用「編．套．冊」格式（計三編，合150套，共750冊），其裝訂方法是「和裝本」，每5冊合為一函，每函約500-550葉，一葉有4版，與現代人習慣的閱讀方式不同。1973年，國書刊行會之割田剛雄先生，向河村孝照教授提出《卍續藏》複刻與新纂，出版100卷的計畫。河村孝照教授規劃具體的新編纂作業如下：(1)十門分類之配置沿襲舊版、(2)變更體裁、(3)標附經典號碼、(4)明示科註標號與編集部註(編)、(5)移動補遺、(6)補充缺卷之典籍、(7)收錄新資料。在出版形式接近大正藏經，例如：(1)標附經典號碼，(2)用洋本、B5版、三段組（三欄式），方便現代讀者利用，稱為《卍新纂大日本續藏經》（簡稱《卍新續藏》），於1975 -1989之間陸續刊行。在這期間，1983年，在台灣的新文豐公司出版將《卍續藏》為影印底本，改以150冊雙欄發行，每一冊對應到《卍續藏》)一套，並且編列流水頁號，影印出版。
因此，當CBETA要以《卍續藏》電子化作為第二期（2002-2006年）任務時，如同第一期，首先也是必須考量如何處理著作財產權的問題。相對於《卍新續藏》（1975-1989年，國書刊行會），舊版《卍續藏》（1905-1912年，藏經書院）已經無著作財產權問題，原則上，著作財產權的期間，存續於著作人之生存期間及其死亡後50年。所以，事實上CBETA於2000年已經開始作《卍續藏》電子化之輸入，因為我們估算：因為人力成本日益增加，過了2002年，則每年需要500萬元以上的輸入經費，如留待2003年之後，則每年需要700萬元以上的經費，輸入人工成本會越來越高。
當時，我們有預想到：《卍續藏》有如上所述三種版本流通於世，我們以如下的代號說明：
Z: Zokuzokyo 《卍大日本續藏經》（卍續藏）。京都：藏經書院。1905-1912年。
X: Xuzangjing《卍新纂大日本續藏經》（卍新纂續藏）。東京：國書刊行會。1975-1989年。
R: Reprint 《卍續藏經．新文豐影印本》。台北：新文豐。1983年。
因此，在提供使用者引用經文出處之頁、欄、行數等等的記錄，可以採用以上三種版本並列，先《卍新續藏》（X），次《卍續藏》（Z），末（卍續藏經）（R）。例如：CBETA, X78, no. 1553, p. 420, a4-5 // Z 2B:8, p. 298, a1-2 // R135, p. 595, a1-2才能圓滿。
至於，CBETA為何會將《卍新續藏》出處之經號、頁、欄、行數的記錄放在首先的位置，有一段因緣。因為， CBETA雖然只有提供使用者《卍新續藏》經號、頁、欄、行數的記錄與舊版（卍續藏）對照的呈現，但是，我們還是覺得應該要尊重他們的著作財產權。因此，我寫了如下的信（寄出的信是日文）給國書刊行會（著作權者）與河村孝照教授（編輯主任，著作者），說明CBETA決定以《卍續藏經》(1912年，沒有著作權顧慮)版，作為卍續藏電子版的底本，請求（1）同意CBETA之《卍新續藏》「經號與頁碼」參照，同時也請求（2）是否可以比照「大藏出版株式會社」授權CBETA用《大正藏》為電子化的底本，將《卍新續藏》授權CBETA作為《卍續藏》的電子化的底本。
敬啟者：
「中華電子佛典協會」 (CBETA)自1998年成立以來獲得日本SAT(Taisho Daizokyo text-database) 組織的協助及「大藏出版株式會社」的授權，目前已經完成《大正新脩大藏經》第一卷至第五十五卷及第八十五卷的初步電子化作業，並以網路及光碟的方式廣為流通。得到許多使用者的好評及鼓勵，同時也希望CBETA 能繼續進行卍續藏的電子化作業。
經過我們審慎的考量後，CBETA決定進行藏經書院於大正元年(1912)完成的150套《卍續藏經》版，作為卍續藏電子版的底本，以餉讀者的需求及建構完整的藏經電子版本。然而，為提供使用者更好的服務及達成多數讀者的需求，今擬於完成的為電子版中提供《新纂大日本續藏經》的經號與頁碼作為參照用，此事期能得到 貴單位的允許。
當然，如果 貴單位能如「大藏出版株式會社」的授權一樣（授權契約書如附件，請參考），讓CBETA 以《新纂大日本續藏經》作為電子版作業的底本，相信對 貴單位在因應電子數位時代的潮流，提升《新纂大日本續藏經》的國際學術界使用的普及率，將會有很大的助益。
恭祝 平安
釋惠敏 合十
中華電子佛典協會主任委員 2002年7月
這封信包含對國書刊行會與河村孝照教授在著作權的尊重，並且期待他們可以善意回應。因為，我預想到：河村孝照教授曾經來過台灣中華佛學研究所參訪，我們見過面，而且也是聖嚴法師的師父東初法師所著《中國佛教近代史》日譯本（椿 正美譯著，日本傳統文化研究所）之編者，或許會有請求成功的可能性。
感謝三寶加披，河村孝照教授回應說：希望CBETA可以用《新纂大日本續藏經》作為卍續藏電子版的底本，它不僅是復刻而且是新纂，比較理想，並且說明今後「著作權使用契約書」的協調，由國書刊行會之割田剛雄先生擔任窗口，開始往返書信，協調著作權使用契約書細節。此外，如上所述，我們感謝佛陀教育基金會，贊助CBETA向國書刊行會，購買全套原版《新纂大日本續藏經》，作為電子化工作的底本，表示CBETA的誠意與認真的態度。
為感謝河村孝照教授無償授權的好意，2002年9月，我特別請示聖嚴法師，可否以他名義寫感謝信，並且聘請河村孝照教授為中華佛學研究所的榮譽研究員。於2002年11月11-13日期間，我與杜老師赴日，由日本的老朋友山喜房佛書林社長淺地康平先生安排與陪同，親自拜訪國書刊行會董事長佐藤今朝夫先生等人，表達無償授權的感謝之意。接著，也請淺地先生安排與陪同拜訪大藏出版社青山賢治先生等人，親自報告《大正藏》1-55冊與85冊電子化的成果以及再次表達無償授權的感謝之意。同時，我們也代為中華佛研所圖書資訊館訂購許多上述兩家出版社的書籍。
於2002年11月30日，甲方以佐藤今朝夫（國書刊行會董事長）、乙方以釋惠敏（中華電子佛典協會主任委員）為代表，並且載明是以國書刊行會（著作權者）與河村孝照教授（編輯主任）之『新纂大日本續藏經』(第1卷~第90卷)為底本，完成「著作權使用契約書」。
之後，CBETA對於《卍新續藏》電子化的順序是先進行「禪宗」（78-87冊），因為考慮這部分是《大正藏》所沒有包含佛典數之最多的，也是使用者最想利用的部分。於2004年2月，CBETA發行《大正藏》（1-55,85冊）與《卍新續藏》78-87冊的光碟測試版，於4月發行正式版。從此，依序將其他「中國撰述、諸宗著述部」、「史傳部」等陸續發行光碟，於2007年2月初步完成《卍新續藏》（1-88 冊），2008年3月，增加《卍新續藏》校注資料。
（三）2006年電子佛典新式標點專案
CBETA於2006年2月18日，按例舉辦成果發表會暨八週年慶的活動，公開發行「CBETA電子佛典集成 Version2006」(內容為大正藏1-55冊，85冊及卍新續藏54-88冊)。我們也估計《卍新續藏》的輸入計畫預計在明年春季完成，CBETA的任務也由「量的追求」轉到「質的提升」。
因為，中國歷代大藏經與中國古籍一樣，皆是白文無標點本，日本明治時代，為了讓大眾容易閱讀藏經，弘教書院刊行之《縮刷藏經》、藏經書院刊行《卍字正藏》開始將經文加上標點句讀，《大正藏》、《卍續藏》也延續標點句讀的刊行方式。但是，有閱讀《大正藏》、《卍續藏》經驗者，大多會發現其標點句讀的品質良莠不齊，需要改善。於是，CBETA希望能建立一個開放的平台，吸引更多人共同匯集優質的藏經資料，提供給大眾使用，發出如下的公開邀請消息：
八年來CBETA已完成預定的《大正藏》、《卍續藏》輸入、校對、標記、缺字處理、校勘等大部分工作。今為提升電子佛典品質，提供讀者閱讀佛典的新環境；CBETA將開始進行眾所期望的新式標點作業。亦即，CBETA擬就所收錄的電子經文與教學界合作，重新加入新式標點，並無償公開流通發行。當天，將邀請合作代表共同簽署「CBETA電子佛典新式標點專案」合作契約，如果您希望能參與此項歷史性的世紀工程，可先上網(http://cbeta.org/xb) 暸解。誠摯的歡迎您共同參與此項有意義的活動。
當天，感謝中央大學、玄奘大學、法鼓山中華佛研所、香光佛學院、圓光佛學院、福嚴佛學院和華嚴蓮社、嘉豐出版社（依筆劃順序）等單位共同參與簽署「CBETA電子佛典新式標點專案」合作契約。
2007年4月-10月之間，我們發現：似乎有人發動「發函給CBETA不要進行新標的運動」，因為幾乎是從相同的地區發出，用傳真或電子郵件表達：「維持大藏經原有經文」、「保持世尊說經時的原樣」、或者「如果在不正確的位置標上不恰當的標點符號, 恐怕會造成讀者錯誤的解讀, 並建立偏差的知見, 影響太深遠！」、「背負的業力」等等意見。我提供CBETA同仁從如下的四個大方向，盡快提出公開說明。
1. CBETA不是更動經文，而是修訂《大正藏》、《卍續藏》之錯誤標點。
2. 《卍續藏》有許多完全沒有標點或標點不足的經文，會有因人而作不同解讀的問題。
例如：大家所熟悉的「下雨天留客天天留我不留」完全沒有標點的句子，可因人解讀為「下雨天，留客天，天留，我不留」，也可解讀為「下雨天，留客天，天留我不？留！」，但意思完全相反。完全沒有標點的佛經的解讀，可能也會有類似問題。所以，CBETA須要藉用古今中外的專家的解讀經驗，提供大眾比較正確解讀方案，再由大眾來公斷而再修正。因為，由於CBETA所提供的佛典是電子版，隨時可以修正。此外，我也請同仁找出如下的實例，說明經過新式標點與分段之後的經文，對讀者們的好處：
(1)無標點或分段的經文難讀，容易誤讀，或「畏讀」，造成大家畏懼讀佛典，不利佛典流通。
《放光般若經》卷2〈4 學五眼品〉：「舍利弗白佛言何謂菩薩除身口意佛言菩薩不猗身口意是故能除菩薩從初發意以來常奉十善是故過諸聲聞辟支佛上菩薩行般若波羅蜜者淨於佛道淨於六波羅蜜舍利弗白佛言云何菩薩淨於佛道佛言菩薩不猗身口意不猗六波羅蜜不猗羅漢辟支佛不猗菩薩亦不猗佛所以者何於一切法無所猗故是為菩薩道舍利弗復有菩薩一一行諸波羅蜜用是故無能伏者舍利弗白佛言云何菩薩行六波羅蜜無能伏者佛言菩薩行六波羅蜜者不有念五陰六情不有念色聲香味細滑法不有念十八性不有念三十七品不有念六波羅蜜不有念佛十種力四無所畏佛十八法不共不有念聲聞辟支佛道不有念佛道不有念阿耨多羅三耶三菩如是舍利弗菩薩行六波羅蜜於功德中展轉增益用是故無能伏者復次舍利弗菩薩住於般若波羅蜜具足薩云若以諸慧不墮惡趣不墮貧賤中所受身體諸根具足人不憎惡常為諸天阿須倫所敬愛」(CBETA, T08, no. 221, p. 8, c3-23)
特別是，完全沒有句讀（標點或分段）的《卍新續藏》有245部900卷、《嘉興藏》有234部1276卷，數量很多，需要處理，才能讓各種大藏經的佛典普及。
(2)經過新式標點與分段之後的經文：
《放光般若經》卷2〈4 學五眼品〉：「舍利弗白佛言：「何謂菩薩除身口意？」
佛言：「菩薩不猗身口意，是故能除。菩薩從初發意以來常奉十善，是故過諸聲聞、辟支佛上。菩薩行般若波羅蜜者，淨於佛道、淨於六波羅蜜。」
舍利弗白佛言：「云何菩薩淨於佛道？」
佛言：「菩薩不猗身口意，不猗六波羅蜜，不猗羅漢、辟支佛，不猗菩薩亦不猗佛。所以者何？於一切法無所猗故。是為菩薩道。舍利弗！復有菩薩一一行諸波羅蜜，用是故無能伏者。」
舍利弗白佛言：「云何菩薩行六波羅蜜，無能伏者？」
佛言：「菩薩行六波羅蜜者，不有念五陰、六情，不有念色聲香味細滑法，不有念十八性，不有念三十七品，不有念六波羅蜜，不有念佛十種力、四無所畏、佛十八法不共，不有念聲聞、辟支佛道，不有念佛道，不有念阿耨多羅三耶三菩。如是，舍利弗！菩薩行六波羅蜜，於功德中展轉增益，用是故無能伏者。
「復次，舍利弗！菩薩住於般若波羅蜜具足薩云若，以諸慧不墮惡趣、不墮貧賤中，所受身體諸根具足人不憎惡，常為諸天、阿須倫所敬愛。」(CBETA, T08, no. 221, p. 8, c3-23)
二者相較之下，有標點與分段的佛經，容易顯示出佛經的表達層次，對話者與內容比較能清楚，彷彿佛陀與舍利弗就在自己的面前開演佛法，這對想要深入經藏的讀者們必然有加分的效果。若CBETA的標點有錯誤，因為有表示出來，也可以知道是錯誤在那裡，大家可以一起斟酌、評斷、改善。不然，雖然是閱讀沒有標點的經文，但是實際上每個人還是在腦海中自行標點，所解讀的經文是對？是錯？反而無從得知，不如將標點標示出來，大家可以互相切磋，才是進步之道。
3．加上標點後，縱然有不同意見或有誤差，對於全文檢索沒有影響，因為CBETA的檢索是採用忽略標點的程式設計。
4．最後，退一步來看，加上新式標點是一種非破壞性的加工，我們在CBETA的閱藏系統的「選項設定」中「經文格式」的功能（如下圖1），有取消「顯示標點符號」的選項，讓不想看標點的讀者，可以簡單地回到完全沒有標點的版本，如此，也讓大家各取所需，皆大歡喜了。其實，這也是電子佛典的方便處。
圖1：CBETA的閱藏系統的「選項設定」中「經文格式」功能選項
從2006年啟動「CBETA電子佛典新式標點專案」，初期以《大正藏》經文為目標，到2014年完成1025部（4213卷），包含阿含、本緣、般若、華嚴、法華、寶積、涅槃、大集、經集、律等經典（第1-17冊，22-24冊），以及其他部類部份佛典。非常感謝新標提供者、新標志工以及CBETA委外工作人員李明芳博士、常修慈女士長年來的努力。目前，同時開始進行《卍新續藏》及《嘉興藏》中完全沒有標點句讀的經文，減低大眾閱讀的困難。歡迎諸方賢達加入此專案，共襄盛舉。
（四）2008年開發跨平台版本讀經界面（簡稱jCBreader）
如上所述， 2007年11月，資訊管理背景的洪振洲博士應聘到法鼓佛教學院，2011年8月擔任圖書資訊館館長，提供許多專業的意見與專案督導。例如：jCBReader讀經界面的開發。此界面是為了因應各界使用者對於原來CBETA讀經界面（CBReader）於各種不同作業平台(Window，Macintosh，Linux)執行的需要，以及對於網路線上使用的需求。於2008年10月開始，由洪博士督導規劃新一代的電子佛典集成之閱讀介面：「CBETA電子佛典集成跨平台版本」（簡稱jCBreader）。此jCBReader之閱讀介面以Java為程式開發語言，具有跨平台特性。系統採介面與資料分離之Clinet-Server架構，具有高度的可擴充性，並改採用網路資料更新機制，將可讓使用者無須等待每年光碟發行時間，便可取得最新內容。此界面的測試版於2011年上線，提供下載測試，由於需要等待CBETA的內容更新為TEI(Text Encoding Initiative，文件編碼協會)P5版本，於2014年才能正式完成，提供使用者下載使用此跨平台版本讀經界面。
（五）第二期(2003-2008)成果：《卍新續藏》1-88 冊
CBETA第二期主要的成果是2004-2007年間，完成《卍新續藏》本文及校注，共 1229 經、 5060 卷，約7千1百萬30萬字。以下是CBETA第二期（2003-2008年）光碟版本簡介：
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CD10 |
2003.02 |
內容：大正藏 1-55 , 85 冊 + 校勘資訊 格式：HTML Help , HTML , XML , RTF , App , Normal |
手工打造版 |
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CD11 |
2004.02 |
內容：大正藏 1-55,85 冊 , 卍新纂續藏 78-87 冊 閱藏介面：CBReader V1.0 |
測試版 |
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CD12 |
2004.04 |
內容：大正藏 1-55,85 冊 , 卍新纂續藏 78-87 冊 閱藏介面：CBReader V2.0 |
CD11 的正式版 |
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CD13 |
2005.02 |
內容：大正藏 1-55 , 85 冊 , 卍新纂續藏 63-73 , 78-88 冊 閱藏介面：CBReader V3.1 |
2005.01 網路上有公開 CD13 測試版 ISO 版，其中 CBReader 為 V3.0，該版無實體發行之光碟。 |
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CD14 |
2005.07 |
內容：大正藏 1-55 , 85 冊 , 卍新纂續藏 63-73 , 78-88 冊 閱藏介面：CBReader V3.2 |
C13 修訂再版 光碟內環CD14，封套日期同 CD13 2005.02 |
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CD15 |
2006.02 |
內容：大正藏 1-55 , 85 冊 , 卍新纂續藏 54-88 冊 閱藏介面：CBReader V3.4 |
經文字數突破一億字 |
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CD16 |
2006.04 |
內容：大正藏 1-55 , 85 冊 , 卍新纂續藏 54-88 冊 閱藏介面：CBReader V3.5 |
光碟內環CD16，封套日期同 CD15 2006.02 |
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CD17 |
2007.02 |
內容：大正藏 1-55 , 85 冊 , 卍新纂續藏 1-88 冊 閱藏介面：CBReader V3.6 |
本版有加印一批江島惠教教授紀念版送至日本，光碟內容不變。 |
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CD18 |
2008.02 |
內容：大正藏 1-55 , 85 冊 , 卍新纂續藏 1-88 冊 閱藏介面：CBReader V3.7 |
增加卍新纂續藏校注資料 |
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CD19 |
2008.03 |
內容：大正藏 1-55 , 85 冊 , 卍新纂續藏 1-88 冊 閱藏介面：CBReader V3.7 |
修訂主程式檢索範圍無法全部儲存的問題。 |
總之，從 1998 -2007年之間 ，CBETA 先後完成了《大正藏》及《卍新續藏》兩套極為重要的漢文佛教藏經數位化作業，合計總字數超過1億5千萬字的漢文佛典資料庫，有很高的文字正確度，且全部以符合 TEI 標準的 XML 語言標記，又有方便好用的各類檢索功能，已成為國際佛學界、佛教界不可或缺的研究及修學工具。
